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Il  existe un monde virtuel parallèle au nôtre : Lyokô. Créé par Franz Hopper, génie informatique et ancien enseignant au collège Kadic, Lyokô est composé de 5 Territoires : la Banquise, la Forêt, le Désert, la Montagne et le Cinquième Territoire, plus secret et nommé Carthage. Chaque territoire possède des tours, des bases de données qui fouillent inlassablement les réseaux terrestres à la recherche d’informations et d’énergie.

A l'origine conçu comme un paradis numérique, Lyokô est aujourd'hui menacé : XANA, un programme multi-agent contrôle le monde digital après avoir acquis la conscience et pris son indépendance. Il cherche aujourd'hui à détruire la Terre.

Pour cela, il infecte les tours aux quatre coins de Lyokô. Cette « activation » des tours lui permet d'avoir un lien avec le monde réel et d'y lancer une attaque. Ses offensives prennent des formes toujours plus variées les unes que les autres mais visent toujours à une chose : l'extermination de la Terre et de la race humaine !

Cependant, les choses n'ont pas toujours été ainsi... Avant de s’affranchir, XANA était un programme créé par Hopper dans le but de détruire Carthage, un programme militaire auquel ce dernier participa sans le savoir.

Quand Hopper réalisa qu’on souhait l’éliminer, il finit par fuir sur Lyokô, en compagnie de sa fille Aelita, poursuivi par de mystérieux hommes en noir ! Aussitôt que Hopper et Aelita atterrirent sur Lyokô, XANA se retourna contre son créateur... Franz Hopper tenta alors de "négocier" mais il échoua et faisant ses adieux à sa fille, il désactiva le Supercalculateur de l’intérieur, protégeant ainsi la Terre de la menace XANA. Jusqu’au jour où un adolescent découvrit l’usine…

Jérémie Belpois a trouvé par hasard la "porte" vers le monde virtuel : une vieille usine désaffectée, dans laquelle se trouve le Supercalculateur et les scanners qui permirent à Franz de se virtualiser sur Lyokô . Quand il ralluma le Supercalculateur, Lyokô se réanima et XANA avec ! Néanmoins, Jérémie fit immédiatement la connaissance d’Aelita, qui était complètement amnésique... Les deux adolescents explorèrent le monde virtuel, de l’intérieur et depuis les panneaux de contrôle, jusqu’à se rendre compte qu’une puissance obscure souhaitait se débarrasser d’eux ! Pour lutter contre XANA Jérémie confia rapidement son secret à trois autres collégiens du Collège Kadic, non loin de l’usine ! Ce sont Yumi, Ulrich, Odd et Jérémie. Jérémie les virtualise tour à tour sur Lyokô... les découvertes commencent !

Tout d’abord Jérémie comprit que les Tours étaient des ponts entre Lyokô et le monde réel. Il découvrit ensuite un statut très particulier d’Aelita : cette jeune fille peut être considérée comme la Gardienne de Lyokô. Elle a le pouvoir de prendre le contrôle des tours, et par conséquent, d'empêcher XANA d'y avoir accès. Parcourant sans relâche les Territoires de Lyokô, guidée par les pulsations sonores et puissantes émises lors d'une attaque, elle a pour objectif de pénétrer dans toute tour activée, et une fois à l'intérieur d'entrer un Code pour la désactiver : le Code Lyokô. Contrairement aux héros, la jeune fille ne peut pas revenir dans les scanners et si elle venait à se faire dévirtualiser par les monstres de XANA, elle disparaîtrait pour toujours !

Les héros se fixent cette mission : la protection du monde réel et la sécurité d’Aelita ! Ils doivent se rendre à l’usine afin d'aller sur Lyokô et ainsi combattre sur le terrain. C'est la seule solution pour contrer les attaques de XANA, quand il active des tours.
Odd, Yumi et Ulrich se virtualisent sur Lyokô pour faire office de gardes du corps d’Aelita, car XANA protège les tours qu'il active en créant des monstres de différents types. Aelita n'a pas d'armes, mais les trois collégiens, une fois virtualisés, prennent une nouvelle apparence, qui leur permet de lutter comme de véritables guerriers virtuels. Leur mission est le plus souvent de permettre à Aelita de rejoindre une tour. Ils partagent une double vie dans le plus grand secret : collégiens comme les autres pendant les heures de cours… et sauveurs du monde le reste du temps. Ils doivent garder leur secret car si les autorités venaient à apprendre la menace que représente XANA, Lyokô serait immédiatement détruit et Aelita disparaîtrait. Pour nos héros, il n'en est pas question : entre Aelita et eux, c'est une grande histoire d'amitié...

Quand les tours sont désactivées, les héros réparent tous les dommages causés grâce à une faculté du supercalculateur : les retours dans le passé. Ils effacent tout dommage matériel ou physique, mais ne peuvent pas ramener un mort à la vie. Leur autre intérêt est d'effacer les mémoires quand ils sont lancés, sauf celles des héros, enregistrées dans le supercalculateur. C'est grâce à cela que les héros peuvent continuer à oeuvrer dans l'anonymat, tandis que personne ne se souvient des sombres heures que XANA fait endurer à la Terre.

Jérémie ne se rend jamais sur Lyokô : il est chargé de "virtualiser" ses amis. Il peut réaliser cette opération grâce auxdits scanners (des sortes d'ascenseurs cylindriques) et l’ordinateur géant dans la salle du laboratoire. Il veille également sur eux et les guide chaque fois qu'ils sont sur Lyokô.

L'action de Code Lyokô tourne autour de cet axe directeur : les 5 héros et amis réussiront-ils à contrer chacune des attaques de XANA et à sauver toutes les vies qu'il met en danger ? Le virus parviendra-t-il à avoir la peau de ses pires ennemis ?
A tout cela s'ajoute les intrigues amoureuses ainsi que l'évolution mentale et psychique des héros à travers leur adolescence. Ulrich et Yumi partagent un amour qu'ils ne se révèlent pas et leur relation est souvent perturbée. De son côté, Jérémie tombe éperdument amoureux de la jeune fille virtuelle et fragile qu’il parvient a matérialiser à la fin de la première saison ; un amour jusque là impossible et très certainement partagé par Aelita...
Mais les tourments des années de la puberté réservent encore bien des surprises à ces jeunes gens valeureuses.lmm

Code Lyokô est donc une aventure virtuelle mais dangereuse, vécue par des héros en pleine adolescence, qui découvrent la vie.